Trayectoria
Es hijo de un ex coordinador de Santiago Wanderers, del mismo nombre. Formado desde pequeño en la cantera de Santiago Wanderers, Muñoz llegó a ser el goleador de la serie Sub-16 del fútbol chileno con 27 anotaciones, lo cual lo llevó a debutar en el Apertura 2006. Desde su debut jugó algunos pocos partidos, pero logró consagrarse al anotar su primer gol y saltar a la fama tras anotarle a Everton de Viña del Mar en el Clásico Porteño. Con su gol le dio el triunfo a su equipo en los últimos minutos en el Clausura 2007. Ese mismo año debió vivir el descenso de su club a la Primera B y perder la final Sub-19 del torneo juvenil ante Colo-Colo.MIN, 1:40
Tras descender con el equipo porteño, fue uno de los pocos jugadores que se mantuvo y comenzó a luchar un puesto como titular. Tras pocas oportunidades, el 18 de junio del 2008 fue anunciado su préstamo a Unión Quilpué junto con otros jugadores de Santiago Wanderers, pero rechazó esto y decidió luchar por un lugar en el equipo. Su lucha por un lugar en el equipo no fue muy exitosa y no fue convocado a muchos partidos, pero si jugó en los partidos de divisiones inferiores.
Finalmente, pese a que no quiso irse a préstamo en junio, en noviembre Jorge Aravena decidió enviarlo a préstamo y finalmente el 2009 recaló en Unión Quilpué, préstamo que anteriormente había rechazado.
A fines de agosto del 2009 regresó a Santiago Wanderers por problemas entre el club porteño y Unión Quilpué. Desde ese entonces se mantuvo entrenando con los juveniles del equipo hasta que en noviembre de ese año se confirmó que sería parte de los planes de Humberto Zuccarelli para el 2010. El 2010 se convirtió en su año, transformándose en el goleador de su equipo con diecisiete goles por el campeonato oficial y convirtiendo dos más por la selección sub 22 de su país. Además ganó el premio al Mejor Delantero Derecho del campeonato y también fue parte del Equipo Ideal de la revista "El Gráfico" Chile. A comienzos del 2011 recibió el primer Premio Elías Figueroa, el cual Santiago Wanderers entrega al mejor jugador de la temporada pasada.
El día 12 de agosto de 2012 en el Torneo Clausura 2012 ocurrió algo inusual en el fútbol. Muñoz se calzó la camiseta de arquero en Colo-Colo en el minuto 82 de partido contra Santiago Wanderers por la sexta fecha del torneo, tras la expulsión de Renny Vega en el pórtico albo. El partido terminó con empate de uno a uno entre Colo-Colo y Santiago Wanderers, en donde MEuñoz fue la figura no solo por estar en el arco sino por hacer un gol en ese partido y "atajar un penal", el cual el balón golpeó el palo derecho.
El 21 de octubre de 2012, Carlos anotaría un gol en el Superclásico chileno, frente a la Universidad de Chile en el Estadio Monumental, dándole el gol del triunfo al equipo albo por 1-0, en el cual después se vería expulsado, por problemas con el meta del equipo rival Johnny Herrera.
El Clausura 2012 sería su gran torneo con la camiseta alba ya que se convertiría en la figura de su equipo llegando a ser el goleador del torneo en su fase regular con 11 tantos (cifra que no le alcanzó para ser el máximo artillero del campeonato, ya que el delantero de Audax Italiano Sebastián Sáez lo pasaría en la instancia de playoffs). Muñoz tuvo destacadas actuaciones en varios partidos como contra Santiago Wanderers donde tras la expulsión de Renny Vega, el portero titular, defendió el arco albo debido a que a Colo Colo se le habían acabado los cambios, manteniendolo en cero deteniendo además un penal. En otro partido donde brilló fue en el Superclásico, ya que le daría la victoria a su equipo con el único tanto del partido con un golazo desde fuera del área. Aquel año lo terminaría de la mejor forma volviendo a ser parte del Equipo Ideal de la revista "El Gráfico" Chile y sería elegido el mejor jugador del año por el mismo medio.
En el Torneo de Transición 2013, Carlos Muñoz nuevamente terminó como goleador de su equipo con 9 tantos, completando así 35 goles con la camiseta alba desde que llegó el 2011. Ese mismo año tras jugar los primeros partidos de la Copa Chile 2013/2014 se confirma su traspaso al Baniyas SC de los Emiratos Arabes Unidos por cinco millones de dólares.
¡¡ÉXITO EN TODO CARLITOS!!
SELECCIÓN CHILENA
Fue seleccionado Sub 20 pero nunca logro disputar alguna competencia. En mayo del 2010, fue citado por el DT de la selección nacional sub-22 dirigida esta vez por César Vaccia para participar en el Torneo Esperanzas de Toulon junto a sus compañeros de equipo Eugenio Mena, Sebastián Ubilla, y Agustín Parra donde su equipo terminó en el cuarto lugar, siendo Muñoz el goleador del equipo junto a Marco Medel con dos goles cada uno. 
En marzo de 2011 tras su buena campaña goleadora es incluido en la primera nomina de la Selección Adulta de Claudio Borghi para afrontar dos duelos amistosos en Europa frente a Portugal y Colombia en La Hayadebutando en este segundo partido al ingresar en el segundo tiempo por Héctor Mancilla. Tras finalizar su participación con Santiago Wanderers en el Torneo de Aperturaes convocado a la selección nuevamente para pertenecer a la pre-nomina de la Copa América 2011. A finales de junio y tras haber disputado un partido amistoso de preparación frente a Paraguay es confirmado para asistir a la Copa América 2011 de Argentina. En la Copa América solo alcanza disputar unos minutos frente a Venezuela, válido por cuartos de final donde su selección quedaría eliminada del torneo continental.
PRIMER GOL Y GOL 50 DE SU CARRERA DE FUTBOLISTA
Familia
Carlitos Muñoz esta comprometido con Nicol Miranda , con la cual tienen una hermosa hija llamada Catalina Muñoz Miranda de 2 años. En enero de 2013 nació la segunda hija de Carlitos y Nicole, Antonella Ignacia
Sus padres son Carlos Muñoz e Ines Rojas
Celebración
Carlitos tiene su celebración típica, cada vez que hace un gol hacia a su hija Catalina Muñoz infla sus cachetitos .Pero ahora hace 2 , hacia su hija Catalina y a su bebe que viene en Camino Antonella Muñoz.
Junto a su pareja NICOL MIRANDA
AMORES DE CARLITOS
El 21 enero del 2013 nació la segunda Hija de Carlitos y Nicole, Antonella Ignacia alas 08:24 hrs.
Princesas de Carlitos
Botín de Oro
En una ceremonia realizada en el Teatro Mori del Parque Arauco de Santiago, el jugador de Colo-Colo Carlos Muñoz fue elegido como el mejor jugador de la temporada en el fútbol chileno 2012 , adjudicándose el “Botín de Oro” en los Premios “El Gráfico”.
El delantero albo fue el protagonista de la gala organizada por la revista deportiva.
Mejor delantero de la temporada 2012
Fans Club Oficiales de Carlos Muñoz
Carlitos tiene 3 Fans Club oficiales , de Santiago Valparaíso Antofa-Talca-Conce Ellas son las FanaticasdeCarlitos (Valparaíso) , las CarlitosLoveers (Santiago) Eyes Of Carlitos (Antofa-Talca-Conce).
FanaticasdeCarlitos
Javiera Atenas Tiare Antiguay
Presidenta del Fans
Club Valpo 14 años
14 años
<--Javiera Muñoz
14 años
(Hermanas)
Paula Muñoz
16 años-->
Mayerlen Pulgar
14 años
Daniela Vera
14 años
Tiare Antiguay y Javiera Atenas tienen una cercanía increíble a la pareja de Carlitos , Nicol , gracias a eso, este Fans Club tuvo la posibilidad de estar en el cumpleaños N° 23 De Carlitos Muñoz , ademas salieron en el diario (LA ESTRELLA) . También estuvieron el cumpleaños N° 2 de su Hija Catalina.
Cumpleaños Catalina
El 29 de diciembre del 2012, tres chicas del Fans Club fueron al entrenamiento de Colo Colo par aver a Carlitos, quien nos recibio con los brazos abiertos! Se saco fotos con las tres, y con todos los hinchas que estuvieron presente en el entrenamiento. 
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CARLITOSLOOVERS
<-Yazmin Diaz
Presidenta
del Fans Club
Michelle Casanga 15 años -->
Geraldine 14 años Valentina Paz
Sofia Cofre
15 años
Este
Fans Club estuvo presente cuando Carlitos Muñoz estaba dando autógrafos por
Umbro en Santiago, en el cual Carlitos las nombro Fans Club Oficial de Santiago ´
EYES OF CARLITOS MUÑOZ
Ammy Almuna
15 años
Macarena
14 años ´
Aracely
Sepulveda
15años
Barbara Muñoz
15 años
Joanna Peralta
14 años
Karen Reyes
14 años
